而另一方面，溫室內部若發生了病害，其傳播速度與感染機率都比原來露天栽培嚴重，因此設施內病害管理技術與原來田間栽培方法並不完全相同。
溫室內部之病害問題十分複雜，以蟲害而言，有薊馬、蚜蟲、粉蝨、葉璊、蛾類等。
除了利用化學藥劑加以防治之外，另一方法即是配合防蟲網以阻絕蟲類之進入，但是防蟲網之使用衍生了另外的問題：
- 防蟲網無法完全根絕蟲類進入，因此仍然必須準備其他防治工具。
防蟲網增加了風阻，使通風量減少，造成通風不良。
亞熱帶地區之溫室需要經常性內外通風，無法形成固定生態以進行生物防治。
對付病害之方式通常有：
- 減少感染機會
限制病害傳播
避開病害發生之有利條件
利用化學藥物處理
利用化學藥物處理己是最後手段，而且也是對環境打擊最大，最不受歡迎的防治方式。
除了此種方式，善於利用溫室管理技術，則可以減少許多病害感染機率，因此更減少了利用化學藥物之機會。
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